11 år gamle Michael er på jordomseiling med familien sin da det blåser opp til storm. Han faller over bord og våkner opp på en øde øy.

Michael tror først han er alene, men det viser seg at øya ikke er så forlatt som han først trodde. Der bor Kensuke, en eldre mann som har levd i skjul siden Den andre verdenskrig. Sammen må de to lære å stole på hverandre - og beskytte dyrene på øya når mennesker med onde hensikter dukker opp.

Filmen er basert på barneboka Kensuke’s Kingdom, skrevet av den britiske forfatteren Michael Morpurgo. (Ikke oversatt til norsk.)

Kensukes hemmelige øy har fått nedre aldersgrense 9 år. Begrunnelsen for at den ikke er tillatt for yngre barn, er "partier med faretruende situasjoner og voldsinnslag".